Осетия в древности входила в состав феодального государства Алания, уничтоженного в 1222 году. Затем Осетия управлялась властителями Грузии. Северная Осетия в XVIII веке отошла к России, а Южная к грузинскому царству. 20 апреля 1922 года в составе Грузинской ССР была создана автономная область Южной Осетии (с 1936 года - Южно-Осетинская автономная область). Область не имела своих герба и флага.

Осетинские националиcты начали использовать бело-красно-жёлтый флаг с конца 1980-х годов. Флаг возможно инициирован в 1987 году Ю.С.Гаглойти, ведущим работником Южно-Осетинского отделения АН Грузии. Другой источник сообщает о том, что автор флага - лидер движения за независимость Южной Осетии, доктор исторических наук, этнограф Алан Чочиев. 10 ноября 1989 года Южно-Осетинский облсовет решил преобразовать область в Южно-Осетинскую АССР. Были планы присоединения Южной Осетии к России. Предложение было встречено в штыки грузинскими националистами, после чего между осетинами и грузинами вспыхнул кровопролитный конфликт. 20 сентября 1990 года облсовет провозгласил Южно-Осетинскую Советскую Демократическую Республику. В ответ на это Грузия 11 декабря 1990 года приняла закон об упразднении автономии Южной Осетии. Президентом СССР М.С.Горбачёвым оба эти законодательных акта были признаны противоправными, и Южно-Осетинский облсовет отменил своё решение.

Отряды национальной гвардии в начале 1990-х годов нашивали на центральную полосу своих бело-красно-желтых флагов белый силуэт снежного барса (Uncia uncia).

Здесь представлена реконструкция этого флага, силуэт барса заимствован с герба республики. В начале 1990-х годов барс вероятно изображался по-другому

26 ноября 1990 года Верховный Совет Южной Осетии принял Конституцию Республики Южная Осетия. В статье 155 оговаривался флаг - полосатый бело-красно-золотой.

Постановлением Верховного Совета Республики Южная Осетия от 30 марта 1992 года было утверждено Положение о Государственном флаге Республики. Официально символика цветов флага не объясняется. Осетинский учёный Ю.С.Гаглойти считает белый цвет цветом скифских князей (основатель касты князей Авх по легенде имел белые волосы), а красный и золотой цвета - символом касты военных (скифские воины имели красно-золотистые волосы и усы). Белый также считают цветом моральной чистоты осетин, красный - храбрости, золотой - богатства.

29 мая 1992 года Верховный Совет Южной Осетии провозгласил полную независимость республики от Грузии.

В тексте использованы материалы статей М.Ревнивцева и Ю.Курасова

Символика флага объяснена на сайте Комитета информации и печати Республики Южная Осетия © УКЦ «AnyKEY»:
"Цвет флага символизирует три главные ценности национального сознания. Белый воплощает идеи справедливости, чистоты и священной славы - КАД, красный цвет символизирует сакральное понятие доблести и отваги - АЭХСАР, а золотой или желтый является цветовым образом ФАРНа - мира, добра, счастья и благополучия, исходящих от неба и солнца.
Хотя этот триколор упоминается в эпических сказаниях осетин, в качестве национального символа он начал использоваться лишь с 1989 года, с подъемом национального движения в Южной Осетии; в качестве государственного символа РЮО он был утвержден законом о государственном флаге РЮО от 13 января 1992 года".

Фирмой "Октябрь" для правительства Южной Осетии были изготовлены республиканские знамена. На них в середине триколора добавлен герб республики - барс.